RESUMO
Abstract Introduction: Non-syndromic cleft lip with or without cleft palate is a common worldwide birth defect due to a combination of environmental and genetic factors. Genome-wide association studies reported the rs7078160 of Vax1 is closely related to non-syndromic cleft lip with or without cleft palate in European populations. The following studies showed the same results in Mongolian, Japanese, Filipino, Vietnamese populations etc. However, conflicting research had been reported in Chinese population, Objective: The aim of this study was to investigate the association between the rs7078160 polymorphism and non-syndromic cleft lip with or without cleft palate in Southern Chinese patients. Methods: In this study, we investigated the polymorphism distribution of rs7078160 in 100 complete patient trios (39 patients with non-syndromic cleft lip and palate; 36 patients with non-syndromic cleft lip only; 25 had non-syndromic cleft palate only; and their parents) from Southern ethnic Han Chinese. 60 healthy trios were selected as control. Polymerase chain reaction and Sanger sequencing were used to genotype rs7078160 in Vax1; both case-control and family-based associations were analyzed. Results: The case-control analyses revealed the rs7078160 polymorphism was significant, associated with non-syndromic cleft lip with or without cleft palate (p = 0.04) and non-syndromic cleft lip and palate (p = 0.01), but not associated with non-syndromic cleft lip only and nonsyndromic cleft palate only patients. The genotype composition of rs7078160 comprises mutated homozygous AA, heterozygous AG and wild homozygous GG. Cases with AG + AA genotypes compared with GG homozygotes showed an increased risk of non-syndromic cleft lip with or without cleft palate (p = 0.04, OR = 2.05, 95% CI: 1.01-4.16) and non-syndromic cleft lip and palate (p = 0.01, OR = 3.94, 95% CI: 1.34-11.54). In addition, we did not detect any transmissiondisequilibrium in rs7078160 (p = 0.68). Conclusion: This study suggests that rs7078160 polymorphism is a risk factor of non-syndromic cleft lip with or without cleft palate, and Vax1 is strongly associated with non-syndromic cleft lip with or without cleft palate in Southern Chinese Han populations.
Resumo Introdução: A fenda labial não sindrômica, com ou sem fenda palatina, é um defeito congênito comum em todo o mundo, devido a uma combinação de fatores ambientais e genéticos. O genome-wide association studies relatou que o polimorfismo rs7078160 do Vax1 está intimamente relacionado à fenda labial não sindrômica, com ou sem fenda palatina em populações europeias. Estudos subsequentes mostraram os mesmos resultados nas populações mongol, japonesa, filipina e vietnamita etc. No entanto, pesquisas conflitantes foram relatadas na população chinesa. Objetivo: Investigar a associação entre o polimorfismo rs7078160 e fenda labial não sindrômica, com ou sem fenda palatina, em pacientes do sul da China. Método: Tentamos investigar a distribuição do polimorfismo rs7078160 em 100 trios completos de pacientes (39 pacientes com fenda labial e palatina não sindrômica; 36 pacientes com fenda labial somente, não sindrômica; 25 com fenda palatina somente, não sindrômica e seus pais), da etnia Han do sul da China, e em 60 trios saudáveis selecionados como controle. Reação de polimerase em cadeia e o sequenciamento de Sanger foram uszados para genotipar o polimorfismo rs7078160 do Vax1 e tanto os casos-controle quanto as associações baseadas na família foram analisadas. Resultados: As análises de caso-controle revelaram que o polimorfismo rs7078160 estava significativamente associado a fenda labial não sindrômica, com ou sem fenda palatina (p = 0,04) e fenda labial e palatina não sindrômica (p = 0,01), mas não estava associado a pacientes com fenda labial somente não sindrômica e fenda palatina somente não sindrômica. A composição do genótipo de rs7078160 compreende AA homozigoto mutado, AG heterozigoto e GG homozigoto selvagem. Casos com genótipos AG + AA comparados com GG homozigotos mostraram um risco aumentado de fenda labial não sindrômica, com ou sem fenda palatina (p = 0,04, OR = 2,05, IC de 95%: 1,01 ± 4,16) e fenda labial e palatina não sindrômica (p = 0,01, OR = 3,94, IC 95%: 1,34-11,54). Além disso, não detectamos desequilíbrio de transmissão em rs7078160 (p = 0,68). Conclusão: Este estudo sugere que o polimorfismo rs7078160 foi um fator de risco para fenda labial não sindrômica, com ou sem fenda palatina, e o gene Vax1 está fortemente associado com fenda labial não sindrômica, com ou sem fenda palatina em populações da etnia Han do sul da China.
Assuntos
Humanos , Fenda Labial/genética , Fissura Palatina/genética , Fatores de Transcrição/genética , Estudos de Casos e Controles , China , Proteínas de Homeodomínio/genética , Predisposição Genética para Doença , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , Estudo de Associação Genômica Ampla , GenótipoRESUMO
Abstract Objective: The prevalence of non-alcoholic fatty liver disease in children has risen significantly, owing to the worldwide childhood obesity epidemic in the last two decades. Non-alcoholic fatty liver disease is closely linked to sedentary lifestyle, increased body mass index, and visceral adiposity. In addition, individual genetic variations also have a role in the development and progression of non-alcoholic fatty liver disease. The aim of this study was to investigate the gene polymorphisms of MCP-1 (-2518 A/G) (rs1024611), CCR-2 (190 G/A) (rs1799864), ABCA1 (883 G/A) (rs4149313), and IL-17A (-197 G/A) (rs2275913) in obese Turkish children with non-alcoholic fatty liver disease. Methods: The study recruited 186 obese children aged 10 -17 years, including 101 children with non-alcoholic fatty liver disease and 85 children without non-alcoholic fatty liver disease. Anthropometric measurements, insulin resistance, a liver panel, a lipid profile, liver ultrasound examination, and genotyping of the four variants were performed. Results: No difference was found between the groups in respect to age and gender, body mass index, waist/hip ratio, or body fat ratio. In addition to the elevated ALT levels, AST and GGT levels were found significantly higher in the non-alcoholic fatty liver disease group compared to the non non-alcoholic fatty liver disease group (p < 0.05). The A-allele of IL-17A (-197 G/A) (rs2275913) was associated with non-alcoholic fatty liver disease (odds ratio [OR] 2.05, 95% confidence interval: 1.12 -3.77, p = 0.02). Conclusions: The findings of this study suggest that there may be an association between IL-17A (-197 G/A) (rs2275913) polymorphism and non-alcoholic fatty liver disease development in obese Turkish children.
Resumo Objetivo: A prevalência de doença hepática gordurosa não alcoólica em crianças aumentou significativamente devido à epidemia de obesidade infantil em todo o mundo nas últimas duas décadas. A doença hepática gordurosa não alcoólica está intimamente ligada ao estilo de vida sedentário, ao aumento do índice de massa corporal e à adiposidade visceral. Além disso, variações genéticas individuais também têm um papel no desenvolvimento e na progressão da doença hepática gordurosa não alcoólica. O objetivo deste estudo foi investigar os polimorfismos genéticos MCP-1 (-2518 A/G) (rs1024611), CCR-2 (190 G/A) (rs1799864), ABCA1 (883 G/A) (rs4149313) e IL-17A (-197 G/A) (rs2275913) em crianças turcas obesas com doença hepática gordurosa não alcoólica. Métodos: O estudo recrutou 186 crianças obesas entre 10 e 17 anos, inclusive 101 crianças com doença hepática gordurosa não alcoólica e 85 crianças sem doença hepática gordurosa não alcoólica. Medidas antropométricas, resistência à insulina, painel hepático, perfil lipídico, exame ultrassonográfico do fígado e genotipagem de quatro variantes foram feitos. Resultados: Nenhuma diferença foi encontrada entre os grupos em relação à idade e sexo, índice de massa corporal, relação cintura/quadril ou proporção de gordura corporal. Além dos níveis elevados de ALT, os níveis de AST e GGT foram significativamente maiores no grupo doença hepática gordurosa não alcoólica em comparação com o grupo não doença hepática gordurosa não alcoólica (p < 0,05). O alelo A de IL-17A (-197 G/A) (rs2275913) foi associado à doença hepática gordurosa não alcoólica (odds ratio [OR] 2,05, intervalo de confiança de 95%: 1,12-3,77, p = 0,02). Conclusões: Os achados deste estudo sugerem que pode haver uma associação entre o polimorfismo IL-17A (-197 G/A) (rs2275913) e o desenvolvimento da doença hepática gordurosa não alcoólica em crianças turcas obesas.
Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Criança , Adolescente , Polimorfismo Genético/genética , Obesidade Pediátrica/complicações , Hepatopatia Gordurosa não Alcoólica/genética , Índice de Massa Corporal , Quimiocina CCL2/genética , Predisposição Genética para Doença , Interleucina-17/genética , Receptores CCR2/genética , Transportador 1 de Cassete de Ligação de ATP/genética , Hepatopatia Gordurosa não Alcoólica/complicações , GenótipoRESUMO
OBJECTIVE: The prevalence of non-alcoholic fatty liver disease in children has risen significantly, owing to the worldwide childhood obesity epidemic in the last two decades. Non-alcoholic fatty liver disease is closely linked to sedentary lifestyle, increased body mass index, and visceral adiposity. In addition, individual genetic variations also have a role in the development and progression of non-alcoholic fatty liver disease. The aim of this study was to investigate the gene polymorphisms of MCP-1 (-2518 A/G) (rs1024611), CCR-2 (190 G/A) (rs1799864), ABCA1 (883 G/A) (rs4149313), and IL-17A (-197 G/A) (rs2275913) in obese Turkish children with non-alcoholic fatty liver disease. METHODS: The study recruited 186 obese children aged 10-17 years, including 101 children with non-alcoholic fatty liver disease and 85 children without non-alcoholic fatty liver disease. Anthropometric measurements, insulin resistance, a liver panel, a lipid profile, liver ultrasound examination, and genotyping of the four variants were performed. RESULTS: No difference was found between the groups in respect to age and gender, body mass index, waist/hip ratio, or body fat ratio. In addition to the elevated ALT levels, AST and GGT levels were found significantly higher in the non-alcoholic fatty liver disease group compared to the non non-alcoholic fatty liver disease group (p<0.05). The A-allele of IL-17A (-197 G/A) (rs2275913) was associated with non-alcoholic fatty liver disease (odds ratio [OR] 2.05, 95% confidence interval: 1.12-3.77, p=0.02). CONCLUSIONS: The findings of this study suggest that there may be an association between IL-17A (-197 G/A) (rs2275913) polymorphism and non-alcoholic fatty liver disease development in obese Turkish children.
Assuntos
Hepatopatia Gordurosa não Alcoólica/genética , Obesidade Pediátrica/complicações , Polimorfismo Genético/genética , Transportador 1 de Cassete de Ligação de ATP/genética , Adolescente , Índice de Massa Corporal , Quimiocina CCL2/genética , Criança , Feminino , Predisposição Genética para Doença , Genótipo , Humanos , Interleucina-17/genética , Masculino , Hepatopatia Gordurosa não Alcoólica/complicações , Receptores CCR2/genéticaRESUMO
ABSTRACT: We aimed to genotype the South American clinical isolates of Pythium insidiosum using the single nucleotide polymorphisms (SNP) of the ribosomal DNA sequences (rDNA). Previously, an SNP-based multiplex-PCR was able to distinguish three different clades of P. insidiosum isolates. Thus, we used this assay to evaluate South American clinical isolates of P. insidiosum (n=32), standard strains from Costa Rica (n=4), Thailand (n=3), Japan (n=1), and India (n=1), a standard strain of Pythium aphanidermatum, and Brazilian environmental isolates of Pythium torulosum, Pythium rhizo-oryzae and Pythium pachycaule voucher (n=3). It was possible to allocate each American P. insidiosum isolate to clade I, the isolates of India, Japan, and Thailand to clade II, and the Thai isolate to clade III. P. aphanidermatum, P.torulosum, P.rhizo-oryzae and P.pachycaule voucher isolates were not amplified. For the first time, a P. insidiosum isolate from Uruguay, South America, was included in molecular analyzes. By SNP-based multiplex-PCR, it was possible to perform the identification and genotyping of the South American isolates of P. insidiosum, demonstrating similar genetic characteristics of these isolates.
RESUMO: O objetivo deste estudo foi genotipar isolados clínicos de Pythium insidiosum da América do Sul utilizando polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) de sequências de rDNA. Anteriormente, um multiplex-PCR baseado em SNP foi capaz de distinguir P. insidiosum em três diferentes clados. Dessa forma, utilizamos este método para avaliar isolados clínicos de P. insidiosum da América do Sul (n=32), cepas padrão da Costa Rica (n=4), Tailândia (n=3), Japão (n=1) e Índia (n=1), uma cepa padrão de Pythium aphanidermatum e isolados ambientais brasileiros de Pythium torulosum; Pythium rhizo-oryzae e Pythium pachycaule voucher (n=3). Os isolados analisados foram alocados aos clados: I (americanos), II (isolados da Índia, Japão e Tailândia), e III (um isolado tailandês). P. aphanidermatum, P.torulosum, P.rhizo-oryzae e P.pachycaule voucher não foram amplificados. Pela primeira vez, um isolado de P. insidiosum do Uruguai foi incluído em análises moleculares. Através da multiplex-PCR baseada em SNP, foi possível realizar a identificação e genotipagem dos isolados sul-americanos de P. insidiosum, demonstrando características genéticas semelhantes entre esses isolados.
RESUMO
Abstract Objective Epidemiological studies have shown evidence of the effect of genetic variations in the pathogenesis of breast cancer and have suggested a relationship of the disease with genetic polymorphisms. Matrix metallopeptidase 9 (MMP-9) is a collagenase responsible for the degradation of type IV collagen, the major component of the basement membrane, and other essential extra cellular matrix components, being involved in the tumor cell invasion and metastasis. Our objective was to evaluate the relationship between the MMP-9-1562 C/T polymorphism (rs 3918242) and the risk of developing breast cancer. Methods In this case-control study, the frequency of the MMP-9-1562 C/T polymorphism (rs 3918242) was determined in 148 women with breast cancer and 245 women without the disease. The DNA was extracted from plasma samples, and the gene was amplified by polymerase chain reaction (PCR); the presence of the polymorphism was determined using restriction enzymes. Results After adjusting for confounding variables, we found that the polymorphism was not associated with the occurrence of breast cancer (odds ratio [OR] = 1.159, 95% confidence interval [CI]: 0.6625-1.997, p = 0.5964). We also found no association with more advanced disease, the presence of hormone receptors, human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) overexpression, or rate of tumor cell proliferation. Conclusion We did not observe a relationship between MMP-9-1562 C/T polymorphism (rs 3918242) and the occurrence of breast cancer.
Resumo Objetivo Estudos epidemiológicos vêm demonstrando evidências da influência de variações genéticas na patogênese do câncer de mama, e têm sugerido associação de polimorfismos comuma maior susceptibilidade à doença. A metalopeptidase dematriz 9 (MMP-9) é uma colagenase responsável pela degradação do colágeno tipo IV, omaior componente da membrana basal, e outros componentes essenciais da matriz extra celular, estando envolvido na invasão da célula tumoral emetástase. Nosso objetivo foi avaliar a associação entre o polimorfismo da 1562 C/T (rs 3918242) do gene MMP-9 e o desenvolvimento da neoplasia mamária. Métodos Neste estudo caso-controle, a frequência de polimorfismo 1562 C/T (rs 3918242) do MMP-9 foi determinada em 148 mulheres com câncer de mama e 245 mulheres sem a doença. O DNA foi extraído do plasma e o gene foi amplificado por meio de reação em cadeia da polimerase (RCP). O polimorfismo foi determinado por enzimas de restrição. Resultados O polimorfismo, após o ajuste para variáveis confundidoras, não foi associado coma ocorrência de câncer de mama (razão de possibilidade [RP] = 1,159, intervalo de confiança de 95% [IC95]: 0,6625-1,997, p = 0,5964). Também não foi demonstrado associação comestadiamentos mais avançados, presença de receptores hormonais, superexpressão de HER2 e tampouco com a taxa de proliferação celular do tumor. Conclusão Não observamos relação entre o polimorfismo 1562 C/T (rs 3918242) do gene MMP-9 e a ocorrência de câncer de mama.
Assuntos
Humanos , Feminino , Neoplasias da Mama/genética , Metaloproteinase 9 da Matriz/genética , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , Polimorfismo Genético , Estudos de Casos e Controles , Estudos Transversais , Medição de Risco/métodos , Pessoa de Meia-IdadeRESUMO
Abstract Objective: Obesity is a chronic disease caused by both environmental and genetic factors. Epidemiological studies have documented that increased energy intake and sedentary lifestyle, as well as a genetic contribution, are forces behind the obesity epidemic. Knowledge about the interaction between genetic and environmental components can facilitate the choice of the most effective and specific measures for the prevention of obesity. The aim of this study was to assess the association between the FTO, AKT1, and AKTIP genes and childhood obesity and insulin resistance. Methods: This was a case-control study in which SNPs in the FTO (rs99396096), AKT1, and AKTIP genes were genotyped in groups of controls and obese/overweight children. The study included 195 obese/overweight children and 153 control subjects. Results: As expected, the obese/overweight group subjects had higher body mass index, higher fasting glucose, HOMA-IR index, total cholesterol, low-density lipoprotein, and triglycerides. However, no significant differences were observed in genes polymorphisms genotype or allele frequencies. Conclusion: The present results suggest that AKT1, FTO, and AKTIP polymorphisms were not associated with obesity/overweight in Brazilians children. Future studies on the genetics of obesity in Brazilian children and their environment interactions are needed.
Resumo Objetivo A obesidade é uma doença crônica sustentada por fatores ambientais e genéticos. Estudos epidemiológicos documentaram que maior ingestão de energia e um estilo de vida sedentário, bem como a contribuição genética, são forças por trás da epidemia de obesidade. O conhecimento sobre a interação entre os componentes genéticos e ambientais pode facilitar a escolha das medidas mais efetivas e específicas para a prevenção da obesidade. O objetivo deste estudo foi avaliar a relação entre os genes associado à massa de gordura e à obesidade (FTO), homólogo 1 do oncogene viral v-akt de timoma murino (AKT1) e de ligação AKT1 (AKTIP) e a obesidade infantil e a resistência à insulina. Métodos Estudo de caso-controle no qual os polimorfismos de nucleotídeo simples (SNPs) nos genes FTO (rs99396096), AKT1 e AKTIP foram genotipados em grupos de controle e de crianças obesas/acima do peso. Foram recrutadas 195 crianças obesas/acima do peso e 153 indivíduos controle. Resultados Como esperado, os indivíduos do grupo obeso/acima do peso apresentaram maior índice de massa corporal, maior glicemia de jejum, índice do modelo de avaliação de homeostase (HOMA-IR), colesterol total, lipoproteína de baixa densidade e triglicerídeos. Contudo, não encontramos diferenças significativas no genótipo de polimorfismos gênicos ou nas frequências alélicas. Conclusão Nossos resultados sugerem que os polimorfismos AKT1, FTO e AKTIP não estavam associados à obesidade/sobrepeso em crianças brasileiras. São necessários estudos futuros sobre a genética da obesidade em crianças brasileiras e suas interações ambientais.
Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Criança , Adolescente , Proteínas Adaptadoras de Transdução de Sinal/genética , Sobrepeso/genética , Proteínas Reguladoras de Apoptose/genética , Obesidade Pediátrica/genética , Dioxigenase FTO Dependente de alfa-Cetoglutarato/genética , Brasil/etnologia , Resistência à Insulina , Estudos de Casos e Controles , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , Frequência do Gene/genéticaRESUMO
Falhas nos genes responsáveis por reparos no DNA podem influenciar no surgimento de câncer ou afetar a resposta aos tratamentos. Estudos têm demonstrado que a variação na capacidade de reparo do DNA pode ser resultado de polimorfismos funcionais nestes genes, e alguns destes experimentos sugerem que a presença de polimorfismos de nucleotídeos simples (SNPs), em genes de reparo, está relacionada ao desenvolvimento e resposta ao tratamento de vários cânceres, incluindo o Carcinoma Epidermoide Oral (CEO) e o Carcinoma Epidermoide de Orofaringe (CEOR). Nesta pesquisa avaliou-se a frequência de três SNPs em dois genes de reparo do DNA RAD51 172G>T (c.-61 G>T, rs1801321), RAD51 135G>C (c.-98 G>C, rs1801320) e XRCC3 T241M (c. 722 C>T, rs861539) em indivíduos saudáveis (n=130) e indivíduos com CEO e CEOR (n=126) e investigou-se possíveis relações de tais achados com os desfechos clínicos: resposta tumoral ao tratamento com radioterapia e quimioterapia, recidiva, e sobrevida global. Constatou-se frequência alélica e genotípica em equilíbrio. A presença dos SNPs analisados não revelou ser um fator de risco para o desenvolvimento de CEO ou CEOR; contudo, quando associado ao hábito de fumar ou beber, aumentou o risco de desenvolver o câncer de três a cento e cinquenta vezes (p<000,1). A resposta tumoral ao tratamento de radioterapia e quimioterapia foi semelhante nos pacientes com ou sem SNPs. Nenhum polimorfismo demonstrou significância estatística em relação à sobrevida livre de recidiva ou sobrevida global. Os genótipos AA e AC do SNP rs861539 no gene XRCC3, os genótipos CC e CG do SNP rs1801320 e GG e GT do SNP 1801321 no gene RAD51, aumentam o risco do desenvolvimento de carcinoma epidermoide oral e de orofaringe, quando associados ao hábito de beber ou fumar. Os polimorfismos estudados nos genes XRCC3 e RAD51 não estão associados à resposta à radioterapia, sobrevida livre de recidiva ou sobrevida global
Faults in the genes responsible for repairs to the DNA can influence the onset of cancer or affect the response to treatment. This research evaluated the frequency of three single nucleotide polymorphisms (SNPs) in two repair genes DNA RAD51 172g> T (rs1801321), RAD51 135G> C (rs1801320) and XRCC3 T241M (rs861539) in individuals without cancer (n = 130) and patients with oral squamous cell carcinoma (OSC) and carcinoma oropharyngeal squamous (ORSC) (n = 126) and investigated possible relationships of these findings with clinical and pathological data and clinical outcomes: tumor response to radiotherapy and chemotherapy, disease-free survival, and overall survival. It was found that the allele and genotype frequencies were in equilibrium Hard-Weinberg equilibrium. The presence of at least one polymorphic allele in XRCC3 (rs861539) gene is associated with histological grade (WHO) higher (p = 0.007). We observed a higher recurrence rate trend (p = 0.08) and more advanced stage (p = 0.08) in the group that had at least one polymorphic allele of RAD51 gene (rs1801321). The presence of the analyzed SNPs not proved to be a risk factor for the development of CEO or CEOR; however, when combined with smoking or drinking, increased the risk of developing cancer from three to one hundred and fifty times. The tumor response to radiotherapy and chemotherapy was similar in patients with and without SNPs. No polymorphism showed statistical significance in relation to recurrence-free survival or overall survival. We conclude that the presence of at least one polymorphic allele of the SNPs rs861539 in XRCC3 gene, rs1801320 and rs1801321 in the RAD51 gene increase the risk of development of OSC and ORSC, when associated with the habit of drinking or smoking. Polymorphisms studied in XRCC3 and RAD51 genes are not associated with response to radiation therapy, relapse-free survival or overall survival
Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Carcinoma de Células Escamosas/cirurgia , Carcinoma de Células Escamosas/radioterapia , Neoplasias Orofaríngeas/patologia , Polimorfismo de Nucleotídeo Único/imunologia , Prognóstico , Reparo do DNA , Análise de Sobrevida , Brasil , Distribuição de Qui-Quadrado , Estudos Longitudinais , Modelos LogísticosRESUMO
OBJECTIVE: Obesity is a chronic disease caused by both environmental and genetic factors. Epidemiological studies have documented that increased energy intake and sedentary lifestyle, as well as a genetic contribution, are forces behind the obesity epidemic. Knowledge about the interaction between genetic and environmental components can facilitate the choice of the most effective and specific measures for the prevention of obesity. The aim of this study was to assess the association between the FTO, AKT1, and AKTIP genes and childhood obesity and insulin resistance. METHODS: This was a case-control study in which SNPs in the FTO (rs99396096), AKT1, and AKTIP genes were genotyped in groups of controls and obese/overweight children. The study included 195 obese/overweight children and 153 control subjects. RESULTS: As expected, the obese/overweight group subjects had higher body mass index, higher fasting glucose, HOMA-IR index, total cholesterol, low-density lipoprotein, and triglycerides. However, no significant differences were observed in genes polymorphisms genotype or allele frequencies. CONCLUSION: The present results suggest that AKT1, FTO, and AKTIP polymorphisms were not associated with obesity/overweight in Brazilians children. Future studies on the genetics of obesity in Brazilian children and their environment interactions are needed.
Assuntos
Proteínas Adaptadoras de Transdução de Sinal/genética , Dioxigenase FTO Dependente de alfa-Cetoglutarato/genética , Proteínas Reguladoras de Apoptose/genética , Sobrepeso/genética , Obesidade Pediátrica/genética , Proteínas Proto-Oncogênicas c-akt/genética , Adolescente , Brasil/etnologia , Estudos de Casos e Controles , Criança , Feminino , Frequência do Gene/genética , Humanos , Resistência à Insulina , Masculino , Polimorfismo de Nucleotídeo ÚnicoRESUMO
As vias de reparo por excisão de base (BER) e por excisão de nucleotídeo (NER) desempenham um papel crucial na manutenção da integridade genômica. Polimorfismos em genes das vias BER e NER, que modulam a capacidade de reparo do DNA, podem estar relacionados ao risco de desenvolvimento e prognóstico do câncer oral. O presente trabalho teve como objetivo investigar a frequência de polimorfismos de nucleotídeos simples, em dois genes da via de reparo do DNA por excisão de base (XRCC1 rs25487 e APEX1 rs1130409) e dois genes da via de reparo por excisão de nucleotídeo (XPD rs13181 e XPF rs1799797), em pacientes com carcinoma de células escamosas oral (CCEO), buscando associações com o risco de desenvolver esta neoplasia maligna e o seu prognóstico. Um total de 92 amostras de DNA de pacientes com CCEO e 130 controles foram genotipadas utilizando o método da reação em cadeia da polimerase em tempo real. O software estatístico GraphPad Prism version 6.0.1. foi utilizado para a aplicação dos testes apropriados. Odds ratio (OR) e hazard ratio (HR), e seus intervalos de confiança (IC) de 95%, foram calculados pela regressão logística. A avaliação do prognóstico foi realizada por meio da curva de Kaplan-Meier e análise multivariada de Cox. A presença das variantes polimórficas nos genes XRCC1, APEX1, XPD, e XPF não foram associadas ao risco de desenvolver CCEO. A interação da presença da variante polimórfica com o hábito de fumar não foi significativa para nenhum dos polimorfismos analisados. Já a presença do polimorfismo em XPD, somada ao hábito de beber, aumentou o risco de desenvolver CCEO (OR 1,86, 95% IC: 0,86 4,01, p=0,03). Apenas o SNP do APEX1 (rs1130409) esteve associado a uma diminuição da sobrevida específica (HR 3,94, 95% IC: 1,31 11,88, p=0,01). O presente estudo sugere uma interação entre o consumo de álcool e a presença do polimorfismo estudado no gene XPD. Além disso, indica um pior prognóstico para pacientes que possuem o polimorfismo estudado em APEX1 (AU).
Base excision repair (BER) and nucleotide excision repair (NER) pathways play critical role in maintaining genome integrity. Polymorphisms in BER and NER genes which modulate the DNA repair capacity may affect the susceptibility and prognosis of oral cancer. This study was conducted with genomic DNA from 92 patients with oral squamous cell carcinomas (OSCC) and 130 controls. The cases were followed up to explore the associations between BER and NER genes polymorphisms and the risk and prognosis of OSCC. Four single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in XRCC1 (rs25487), APEX1 (rs1130409), XPD (rs13181) and XPF (rs1799797) genes were tested by polymerase chain reaction quantitative real time method. The GraphPad Prism version 6.0.1 statistical software was applied for statistical analysis of association. Odds ratio (OR), hazard ratio (HR), and their 95 % confidence intervals (CIs) were calculated by logistic regression. Kaplan-Meier curve and Cox proportional hazard model were used for prognostic analysis. The presence of polymorphic variants in XRCC1, APEX1, XPD and XPF genes were not associated with an increased risk of OSCC. Gene-environment interactions with smoking were not significant for any polymorphism. The presence of polymorphic variants of the XPD gene in association with alcohol consumption conferred an increased risk of 1.86 (95% CI: 0.86 4.01, p=0.03) for OSCC. Only APEX1 was associated with decreased specific survival (HR 3.94, 95% CI: 1.31 11.88, p=0.01). These results suggest an interaction between polymorphic variants of the XPF gene and alcohol consumption. Additionally APEX1 may represent a prognostic marker for OSCC (AU).
Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Neoplasias Bucais/patologia , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , Reparo do DNA , Carcinoma de Células Escamosas de Cabeça e Pescoço/patologia , Distribuição de Qui-Quadrado , Modelos Logísticos , Análise de Sobrevida , Análise Multivariada , Estudos Prospectivos , Estudo MulticêntricoRESUMO
The aim of this study was to evaluate genetic diversity of nine molecular markers, six short tandem repeats - STRs (BM4325, BMS3004, ILSTS002, IDVGA51, HEL5, AFZ1) and three single nucleotide polymorphisms (SNPs; LepSau3A1 A-B, LepSau3A1 1-2, and FSHRAlu1), linked to genes involved in reproductive function and their possible effect on reproductive performance. For this purpose, 81 crossbred beef cows were used in this study. The animals were classified into two groups (fertile and sub-fertile cows) based on their pregnancy status after two breeding seasons. High genetic diversity level was observed highlighted by the polymorphic content information ranging 0.23 to 0.87 and expected heterozygosity from 27 to 89%, with an average of 62%. Alleles BM4325 103, BMS3004 129, ILSTS002 137, IDVGA51 177, LEPSau3A1 A, LEPSau3A1 1, HEL5 149, AFZ1 119 and FSHRAlu1 G presented high frequencies. Two STRs (IDVGA51 and ILSTS002), linked to Leptin and LH genes, respectively, were associated to reproductive performance. These data support previous findings suggesting the potential use of IDVGA51 and ILSTS002 STRs for reproductive performance selection.
Foi avaliada a diversidade genética de nove marcadores moleculares, dos quais seis do tipo short tandem repeats - STR (BM4325, BMS3004, ILSTS002, IDVGA51, HEL5, AFZ1) e três do tipo single nucleotide polymorphisms - SNPs (LepSau3A1 A-B, LepSau3A1 1-2 e FSHRAlu1), ligados a genes envolvidos na reprodução e seus efeitos na performance reprodutiva. Foram examinadas amostras de sangue de 81 vacas sem raça definida, os animais foram classificados em dois grupos (vacas férteis e subférteis) baseado nas taxas de prenhez de duas estações reprodutivas. Alto nível de diversidade genética foi observado, revelando alto conteúdo de informação polimórfica, variando de 0,23 a 0,87 e heterozigosidade esperada de 27 a 89% com 62% em média. Os alelos mais frequentes foram BM4325 103*, BMS3004 129*, ILSTS002 137*, IDVGA51 177*, LEPSau3A1 A, LEPSau3A1 1, HEL5 149*, AFZ1 119* e FSHRAlu1 G. Os marcadores IDVGA51 e ILSTS002, ligados aos genes da leptina e LH, respectivamente, foram associados a performance reprodutiva. Esses dados suportam achados prévios que sugerem o potencial uso desses marcadores na seleção de animais com maior performance reprodutiva.
Assuntos
Animais , Feminino , Gravidez , Bovinos , Hormônio Luteinizante Subunidade beta/genética , Leptina/genética , Polimorfismo de Nucleotídeo Único/genética , Sequências de Repetição em Tandem/genética , Variação Genética/genética , Técnicas de Reprodução Assistida/veterináriaRESUMO
Objetivo: Determinar a frequência de polimorfismos bialélicos em IL-1A (rs1800587, posição − 889) e IL-1B(rs1143634, posição + 3954) numa amostra de indivíduos da região de Antioquia, Colômbia, com diagnóstico de periodontite periapical crônica ou periápice saudável; avaliando sua possível associação, junto com o hábito de fumar, no desenvolvimento de periodontite perirradicular. Materiais e métodos: A amostra incluída neste estudo consistiu em 54 indivíduos da região de Antioquia, Colômbia com diagnóstico clínico e imaginológico de periodontite periapical crônica (n = 27) ou com periápice saudável (n = 27). O genótipo dos indivíduos foi determinado utilizando-se análises dos polimorfismos do comprimento de fragmentos de restrição (RFLPs), após realizada a extração do DNA da mucosa oral. Resultados: Foi encontrada umaassociação, embora não estatisticamente significativa, entre o efeito combinado de fumar e apresentar pelo menos um alelo mutante em IL-1B (rs1143634, posição + 3954, C/T), com o desenvolvimento de periodontite periapical (OR = 4,8; 0,2 99,1). Isto mesmo ocorreu com as variáveis de fumar (OR = 3,7; 0,5 29,2), ou apresentar pelo menos um alelo mutante em IL-1A (rs1800587, posição − 889, C/T) (OR = 3,2; 0,5 19,0). Conclusão: A presença de polimorfismos genéticos bialélicos em IL-1 parece constituir, junto com o hábito de fumar, fatores de risco para o desenvolvimento de periodontite apical crônica após o desenvolvimento de necrose pulpar.
Objective: The aim of this study was to determine the frequency of biallelic polymorphisms in IL-1A (rs1800587,position − 889) and IL-1B (rs1143634, position + 3954) in a sample of individuals from Antioquia department, diagnosed with chronic periapical periodontitis or healthy periapex, evaluating their possible association, together with tobacco habits, in the development of perirradicular periodontitis. Material and methods: The sample consisted of 54 individuals with a clinical and imagenologic diagnosis of chronic periapical periodontitis (n = 27) or healthy periapex (n = 27). The genotype of individuals was determined by using restriction fragment length polymorphism (RFLPs), after the DNA extraction from buccal mucosa. Results: Association was found, although not statistically significant, between the combined effect of smoking and having at least one mutated allele in IL-1B (+ 3954 position, C/T), with the development of periapical periodontitis (OR = 4.8, 0.2 99.1). Also, smoking (OR = 3.7, 0.5 29.2), or having at least one mutated allele in IL-1A (rs1800587, position − 889, C / T) (OR = 3.2, 0.5 19.0), were associated with periapical periodontitis development, even though with p values greater than 0.05. Conclusion: The presence of biallelic genetic polymorphisms in IL-1 appears to be, along with smoking, risk factors for chronic apical periodontitis after the development of dental pulp necrosis.
